Per instal·lar una fossa sèptica, s'ha d'excavar un petit pou i construir un tanc d'obra o, una altra opció, comprar una fossa sèptica ja fabricada amb tot el sistema de drenatge i col·locar-la a l'interior. Existeixen fosses sèptiques d'una i de dues càmeres, i cada una funciona de diferent manera.

Fosses sèptiques d'una sola càmera:

Les aigües grises i les aigües negres entren per una canonada fins a la fossa, on es decanten i sedimenten, floten en la superfície o s'enfonsen fins al fons del dipòsit, formant llots i sediments. 

Els sediments que estan atrapats en la càmera són dirigits i reduïts a partir d'una fermentació anaeròbia, el que fa que la formació de gasos, com el diòxid de carboni CO₂ i l'amoni NH4.